信息学流线除草剂数据管理

艾瑞泰克公司开发新除草剂生成和分析大量的数据。高通量数据屏幕,化学优化工作,植物基因组学,bioefficacy和作物安全性测试的发展必须结合选择候选人。后,有前途的候选人必须通过严格的哺乳动物毒理学和环境安全评估。

启动和一般虚拟公司外包合成化学,领域,温室,物理化学和监管研究合同研究组织(cro)需增加一层数据管理的复杂性。最终,外包效果最好如果横和其他合作者获得安全的前提下双向信息流IP,数据安全和数据质量。农业部科技,艾瑞泰克公司,发现CDD库-协作开发的药物发现是理想的信息基础设施来管理各种数据,无缝整合内部工作流和第三方项目。

农业部科技成立于2017年,从牛津大学分离出来的植物科学系的任务找到并安全的除草剂的商业化和小说的行为模式。杂草可以减少三分之一的作物产量和没有重要的新模式的行动商业化30多年抗除草剂现在威胁到全球粮食安全。阻力在250多近100作物和杂草物种污染影响目前大多数除草剂的行动模式,^1、2说,国际调查的抗除草剂杂草。

由牛津大学教授利亚姆·多兰和农业部科技的创始人克莱门特冠军,这种创新的方法是基于一个体内整体植物模型和人工智能,”解释了农业部技术的首席技术官认Hachisu。我们的技术使用之前仅用于体外高通量筛选系统和令人失望的结果。实际上看到herbicidal症状在整个植物使我们能够快速识别有前途的候选人,阐明他们的确切作用方式和发现未知的家庭安全有效的化学。农业部科技的独特方法包括融合三个互补的平台被称为恐鸟星系,农业部和农业部选择目标。使用时按顺序,三个平台允许发展从最初的筛选潜在的数以百万计的化合物在几个月内全球温室试验和田间试验。

在一个高通量干草堆除草剂针

农业部科技的最前沿的方法发现是农业部星系,一个专有平台,可以进行高通量体内筛选潜在的每年数以百万计的化合物。关键是植物模型与一个独特的概要文件包括一个快速的生命周期。先进的成像技术,数字化和机器学习捕获和分析的光谱产生症状。

只有一个筛选系统我们可以发现化学除草剂与小说的行为模式

而传统的高通量除草剂发现屏幕通常允许一个简单的进步或拒绝的决定,农业部星系产生表型数据的人口,单一的生物体,细胞和亚细胞水平。“这给了我们一个早期的复合潜在和行动的模式,包括未知的机制,“Hachisu说。

巨大的数据集的智能管理

至关重要的是,作为一个快速移动的年轻公司,农业部科技需要一种灵活的、可扩展的网站信息平台,可以帮助管理多个数据流。我们需要一个开箱即用的用户友好的平台;解决方案能够处理大量的数据,与电子实验室笔记本(ELN)能够应对快速增长,Hachisu说。

农业部星系产生的巨大数据需要与其他数据才是原作者。然后还有化学优化后的监管研究的数据和结果。第三方也很重要。植物基因组测序,温室测试和监管工作外包给横;复合管理供应商供应库;和化学家合成一批最有前途的化合物进行进一步的测试。信息流和从多个利益相关者必须安全,允许该公司,以保护其知识产权。农业部科技必须相信它可以创建访问第三方外部用户,提供一个用户友好的界面和保留完整的安全性。

定时的盒子

在回顾大量的潜在技术农业部科技测试了CDD拱顶和很快意识到其优势作为一个信息平台。”没有任何安装或常规使用专家的帮助,我们能够建立和开始使用托管CDD库平台作为一个数据库来管理我们的技术产生的大量的数据,“Hachisu补充道。

CDD拱顶充当数据和元数据的中央存储库由农业部科技

“我们需要一个信息基础设施,可以提供一个数据库来保存大量的图片和其他筛选数据,作为复合管理平台,提供了一个民族解放军和给我们一个安全的,安全的系统,通过它交流与我们的横和其他合作伙伴和共享数据。这是一个艰巨的任务,CDD库满足无可挑剔,不管我们,Hachisu补充说。

农业部科技建立了一个主要CDD库作为中央存储库生成的数据和元数据恐鸟星系,农业部和农业部选择目标平台,从下游温室和田间试验,加上所有合成化学工作流。

虽然制药公司专注于新的药物化合物的有效性和安全性特别对人类,农作物保护公司不仅要评估候选人的功效除草剂杂草,他们还必须评估作物的选择性和潜在毒性非目标生物包括哺乳动物、鱼、昆虫、甚至其他植物和环境,包括水生安全。进行内部一些这方面的工作,但大部分的实验和预测健康和环境毒性和安全工作是由专家横。农业部理工大学,我们和许多横使用CDD库直接沟通,包括合成化学家、毒理学分析专家、温室和田间试验的伙伴,“Hachisu说。所有的数据都是直接住主CDD库。

因为CDD拱顶和民族解放军非常安全,我们可以设置用户帐户CRO的合作伙伴

“横有授权访问的库项目,意义农业部科技的科学家可以很容易地创建和分享详细的实验协议通过内部民族解放军与横用于生成和记录实验和标准操作程序,或安抚。横执行请求的实验使用提供的化合物和协议。所有的结果,包括植物症状和图片和其他实验数据,直接上传到CDD库和安全。CDD拱顶作为安全、易于使用的数据存储库的数据可以查看或通过第三方工具分析。”

重要的是,主CDD金库也作为农业部科技的专用复合管理平台。筛选库命令和跟踪,指定批次的化学合成的化合物结构要求公司的供应商在欧洲和中国是命令和注册。当收到化合物供应充足时,系统提醒关键人员发起温室试验通过第三方横,保持延迟降到最低。因为CDD拱顶和民族解放军非常安全,我们可以设置用户帐户CRO的伙伴,他们可以通过直接访问实验,我们的科学家们为他们进行设计和报告他们的研究结果和图像,”Hachisu补充道。

管理工厂的管理

虽然农业部科技展示的多功能性CDD库为其研发数据管理需求,该公司还在其应用创新的CDD库技术。第二,公司设立了独立的库的沙箱,给科学家和新用户练习与系统安全的一种方式。第三个金库管理农业部科技的工厂饲养操作支持三个平台:农业部星系,农业部和农业部选择目标。“这显示了CDD库的多功能性基础设施,我们可以配置一个植物饲养库作为一种植物本身的库存,“Hachisu说。

我们甚至可以设置一个单独的库,我们使用监督和管理工厂饲养

”这意味着我们可以有效地记录和监督跟踪每个工厂的应变,繁殖的时间和结果和其他遗传实验,甚至植物浇水和处置,”他补充道。

农业部科技今天和明天

截至2020年中期,农业部科技的领先候选人除草剂-识别不到一年前被送到其CRO伙伴早期田间试验结果预计在今年年底。公司项目在未来几年持续增长和扩张。“我们希望雇佣更多的科学家,以及继续发展现有的化合物通过研发,我们可以开始新的发现项目和设计新化合物基于结构和活动的财富数据已经在地下室,“Hachisu说。

农业部科技希望进一步自动化及其筛选图书馆建设,增强化学目标设计和图像表现型工作流应用前沿的人工智能和机器学习工具系统。这些是目前正在发展与学术界和产业界合作选择最有前途的穹窿的进一步研究。

农业部科技的这是一个激动人心的时刻,“Hachisu评论。CDD库现在不可或缺的一部分我们的操作,给我们一个安全的平台管理和访问的大量数据,我们产生很多不同类型的实验,没有任何损失或上下文的内容。无论是存储成千上万的图像,让我们横访问他们需要的数据和实验协议,或给我们的概述我们所有的化合物和植物,CDD很容易配置没有高度专业知识,易于使用和已经被证明是非常灵活。

个性化的演示或CDD拱顶的免费试用,电子邮件info@collaborativedrug.com